Nejvyšším správním orgánem církve je synoda v čele s biskupem. Je to sbor kněží a volených zástupců obcí (farností). Synodě přísluší konečné slovo ve věcech správních a bohoslužebných, organizačních, ekonomických, osobních a kázeňských.
V období mezi synodami stojí biskupovi po boku synodní rada jako sbor usnášející se. Tvoří ji 4 duchovní a 5 laiků volených synodou. Předsedá jí biskup, místopředsedou je člen laický. Synodní rada se podílí na správě církve a jejího majetku. Pokud není obsazen biskupský stolec (sede vacante), stojí v čele církve jeden z kněží jako administrátor (správce) církve.
Farní obci stojí v čele farář volený shromážděním obce a ustanovený biskupem. V duchovní správě mu případně pomáhají kooperátoři a pastorační asistentky a asistenti. Farní rady pomáhají farářům ve správě a řízení praktických záležitostí obce.
Episkopálně-synodální princip zdůrazňuje všeobecné kněžství všech věřících, a tak má každý člen církve odpovídající místo ve spolupráci na vinici Páně, kolem eucharistického stolu a v živé svátostné účasti.
Základy obecného církevního práva nacházíme v předpisech prvotní, nerozdělené Církve a v pozdějších ustanoveních kanonických, pokud těmto zásadám neodporují. Pramenem organizace a zřízení je nám Synodní a obecný řád přijatý r. 1877 (autorem je prof. J. F. von Schulte). Tento synodní řad byl novelizován 40. a 41. synodou. Právní komise, která byla ustavena 43. synodou v květnu 2003, pracuje v současné době na návrhu kompletní novely a rozšíření synodního řádu.